復習モードで「この問題、間違えなかったはずだけどなあ」という出題がされるので
原因を確認したところ、網羅度レポートの時点で誤って記録されていたようです。
合っていたはずの問題が銅、間違っていたはずの問題が銀になっています。

ご参考までに、学習履歴は実態に沿っていました。
実態  ＝  学習履歴  ≠  網羅度レポート  ＝  復習モード
なので、網羅度レポートのバグかと考えた次第です。

ご報告ありがとうございます。
確かに学習履歴と網羅度レポートに差があるのであれば、レポート出力時の不具合ということになると思います。
レポート生成プログラムを再度検証したり、20個程度の学習履歴を取り出したりして確認してみたのですが、原因を特定するには至りませんでした。

大変お手数ですがお問い合わせフォームやメール等でユーザIDと不整合が発生している問題の情報を送っていただくことは可能でしょうか？