表2は「物理L2SW#1」の通信制御テーブルなのですが、
宛先MACアドレスがanyの項番は物理ルータに通信することはないのでしょうか？

ええと、自分はネットワークエンジニアではないのですが、"any"は全てのMACアドレスであることを示し、アクションではない、と考えると分かり易いかと思います。
まず項番１４、一番下からから見ます。
送信元「全て」any、宛先「全て」anyを許可していては制御が成り立たないのでまずこれを「破棄」Dropします。
それから項番９、１０、１１、１２、１３まで宛先は「全て許可」でany、ですがそれぞれforwardポートを細かく振り分けます。
このテーブルのanyの項は全ての通信を不可にしているわけではなく、Dropのある項番１４のみです。

うろ覚えで申し訳ありませんが、テーブル作成は「ネスペ」シリーズの左門さんがどこかで説明して下さっていたような？自分もちょっと探してみます。