回答が「権限マスタ」「ID管理台帳」ということですが、両方ともシステム管理者が更新しますので、更新後に照合して監査しても一致するにきまってると思うのですが。
過失または故意による入力ミスを確かめるたの監査なのでしょうか？

営業管理部という部署において、部長の承認後にシステム管理者が台帳とマスタを更新しているのが問題（不十分）ということなのではないでしょうか。
あるべきは、台帳とマスタ更新が終わってから、回収した利用者ID棚卸リストとすべての整合性を確認して部長承認だと思います。
なので、監査の目的としてはご認識のとおりかと。