「キタミ式イラストIT塾 応用情報技術者」を読んで勉強しているのですが、キタミ式はカバー率が低いという話を聞きます。実際のところはどうなのでしょうか？

キタミ式イラストIT塾  は  良かったです。
確かに大滝みやこ先生の書籍に比べると抜けている個所あるかも、、という感想です。

カバー率は若干低いとは思いますが、参考書としての役割は十分に果たしていると思います。
また、漫画で分かりやすいのもキタミ式のいいところ。
概要を学んだあとに当サイトの過去問を5年分くらいやれば、午前の合格は余裕だと思います。
（自分は回し者ではないです）

前回キタミ式とニュースペックテキストを両方入手して読み比べた結果
キタミ式の方は個人的には物足りない内容でした。全体的に浅いというか・・・

基礎からやる必要があったり、基本情報とばしていきなり応用受けたりする場合にはいいかも。
逆に基本情報合格後に応用受ける場合には別の参考書が良いと思います。

はい。カバー率は低めです。
ただ応用情報の内容を全てカバーするのは、範囲から鑑みてどの参考書でも難しいと思います。その上で導入本としてキタミ式はおすすめです。
不足分は過去問等をやっていく中で自身で補う（ネットで調べるなど）でよいかと
私は思いますよ。