応用情報の午後のネットワーク分野において度々ポートIDという言葉を目にするのですが、ググってみてもポート番号についてのWebページばかりでポートIDがどういうものかわかりませんでした。
ポートIDとはどういうものなのか、またはここではポートIDという言葉をどのような意味で使っているのか、解説していただきたく思います。

スパニングツリーとかで出てきたんでしょうかね。ポートプライオリティとポート番号を組み合わせたものがポートIDです。
ポートプライオリティのデフォルトが128なので、128として
2台のスイッチが2本のリンクで接続されている場合

ブリッジ1（送信元ポートID（128.1））→ブリッジ2
ブリッジ1（送信元ポートID（128.2））→ブリッジ2
とか、こんな書き方をしますが、（図を書くとややこしいので）
スパニングツリー ポートIDでルートポートが決まるとき | レイヤ2スイッチの仕組み | ネットワークのおべんきょしませんか？
をググってください

>ポートIDという言葉をどのような意味で使っているのか
は、原義を超えることはないんじゃないですかね。

毎回のように出てきているイメージがあったので特定しませんでしたが、遡ってみるとまるで出現していませんでした。申し訳ございません。

今回私が困ったのは平成29年春問5で使われたものです。
https://www.ap-siken.com/kakomon/29_haru/pm05.html

私はポートとはデータがどのソフトウェアに送られてきたものか識別するためのものだと思っていたのですが、この問題ではL3スイッチの接続口のことを指しているかのようで、そこで混乱してしまいました。

>>私はポートとはデータがどのソフトウェアに送られてきたものか識別するためのものだと思っていたのですが、この問題ではL3スイッチの接続口のことを指しているかのようで

あってますよ。単に接続口のことをポートと呼んでます。
なので、文脈からソフトウェア識別のポートなのか、機器のポートなのかを判断するだけです。