「宛先IPアドレス」について、不明点があります。
外出先及び社内のNPCからMサービス及びインターネットへのアクセスは，プロキシサーバ経由で行うため、宛先IPアドレスは「プロキシサーバ」となるとの解説がありますが、プロキシサーバはMサービスへのアクセスかインターネットへのアクセスかをどのように判断しているのでしょうか。

IPアドレスのヘッダではなく別？のパケット？に設定されているのかと思うのですが、
IPアドレスのヘッダに設定しない理由、また、別パケットに設定されているのであれば、その理由を教えて頂きたいです。

プロキシサーバの挙動は複雑なため、長文になり失礼いたします。

プロキシサーバ経由で別のWebシステムへアクセスする際は、
IPアドレスとポート番号:プロキシサーバ
HTTPリクエスト（GETやPOST）：アクセス先となるWebシステムのFQDNはここに
  書かれている
となります。
格納される場所ですが、HTTPリクエストなのでTCPのデータ部分に該当します。

>IPアドレスのヘッダに設定しない理由、また、別パケットに設定されている
>のであれば、その理由を教えて頂きたいです
以上のようにIPアドレス、ポート番号はプロキシサーバを指しています。
もし、IPアドレス、ポート番号がWebシステムを指していたら、Webシステムに
アクセスにいってしまいます。それはプロキシサーバを利用したいという
目的から考えると意味をなしていないことになります。
そのため、通信先のIPアドレス、ポート番号としてプロキシサーバを指定し、
プロキシサーバが本来クライアントPCが投げるべきHTTPリクエストを代理で
投げることになります。

基本は以上のようになります。しかし、この説明はWebシステムへのアクセスに
使用するスキームがHTTPの時のものです。HTTPSの場合、プロキシサーバの挙動は
暗号化通信のため異なるものになります。

■HTTPの場合
HTTPリクエストが暗号化されていないため、プロキシサーバがHTTPリクエストを
クライアントPCの代理としてWebサーバに投げます。
・クライアントPCはプロキシサーバへアクセスする
・プロキシサーバはクライアントPCからのHTTPリクエストを代理でWebシステムに
  投げる
・WebシステムからプロキシサーバへHTTPレスポンスが返ってくる
・プロキシサーバは受け取ったHTTPレスポンスをクライアントPCへ返す

■HTTPSの場合
HTTPSで通信する場合、HTTPリクエストは暗号化されます。
そのため、プロキシサーバは代理でHTTPリクエストをWebシステムに投げることは
できません。
クライアントPCはHTTPSでプロキシサーバと通信する時、CONNECTメソッドという
特殊なメソッドを用いて、クライアントPC - Webシステム間に通信を中継する
トンネルを張ります。
・クライアントPCはプロキシサーバへアクセス先Webシステムに対してトンネルを
  張るようにCONNECTメソッドを送る
・プロキシサーバはWebシステムとの間に通信を中継するためのトンネルを張る
・以降はクライアントPCとWebシステムの間に通信を中継するためのトンネルが
  できたので、そのトンネルを利用してTLSハンドシェイクを行ってWebシステムと
  暗号化通信を行い、そのトンネルの中にHTTPリクエストを流す

要点をまとめたつもりですが、長くなってしまいました。
プロキシサーバについては概念を押さえておけばよろしいかと思います。