先日新制度の基本情報技術者試験に(多分)合格しました。
科目Bは650点と少しギリギリでした。
セキュリティは全問正解でアルゴリズムは16問中９問正解だと思います。

秋に応用情報を受けようと思っています。
そこで、基本情報の科目Bがギリギリの場合、応用情報午後のプログラミングに繋げるのは難しいでしょうか？
また、おすすめの勉強方法はありますか？（ちなみにJavaとPythonとオブジェクト指向の基礎はおさえています）

新制度の簡単になった基本午後で650点だと低いとは思いますが、応用のプログラミングはしっかり時間をかけて解けば確実に高得点が狙える穴場選択です。前回春のプログラミングは難化して穴場では無かったですが、それは稀で基本的には難易度は安定しているので今からしっかり対策すれば充分合格が見えてくると思います。
プログラミングの勉強方法ですが、過去問をやりまくってIPAが求める回答例に慣れたり、応用のプログラミングではアルゴリズム的な考えが出来ているかを問われるので実際にプログラミングを組んだりすることが良い対策だと思います。