分野を指定して出題の問題数は過去に出た重複問題が消されているため、問題数が少ないのでしょうか？
つまり、分野を指定して出題の問題は過去に出たすべての問題なので、こちらを実施すれば午前対策としては問題ないということでしょうか？

>分野を指定して出題の問題数は過去に出た重複問題が消されているため、問題数が少ないのでしょうか？
ご認識のとおりです。問題数が少なくなるのは重複問題が除外されているためです。分野別問題を全問学習すれば当サイト上の午前問題は網羅したことになります。