https://www.ap-siken.com/kakomon/30_haru/pm04.html

こちらの設問４の(2)の回答が、「販売管理サブシステムとのデータ連携が必要だから」とあり、理由が「PaaS・プライベートクラウドに変更する理由は、2つのサブシステム間のデータ連携を行うために必要だからです。」とあります。
しかし、問題文によれば、「D社が提供している市販ソフトウエアをカスタマイズして使用することにした」とあります。
つまり、「自社開発アプリケーションを使用するようになったから」、という趣旨の内容も、設問４の(2)の回答として織り込むべきなのでは？と思いました。
自分は、「サブシステムと連携ができて独自ソフトウェアが使えるから。」と回答しました（文字数の関係でこの回答もあまり良くないものになってしまっている気がしますが...）

自分の考え方に、何か間違っている箇所がございますでしょうか？

特に間違っていないと思われます。
ただサブシステムとのデータ連携が必要と書いた時点で候補がIaaSとPaaSの
プライベートクラウドに絞られます。
一方独自のソフトウェアを使用する必要があるという条件は
IaaSとPaaSのプライベートクラウドとパブリッククラウドの三つにしか候補を絞れず、
候補を更に絞り込む事が出来ていないので解答例には書かれなかったのだと思います。
文字数が多かったら公式の解答例にPaaSがIaaSよりも安価だから
という文章も加わっていたかもしれませんね。

文字数の関係上、より少ない候補に絞り込める理由を挙げた、ということですね。
ありがとうございます。参考になりました。