https://www.ap-siken.com/kakomon/23_toku/pm07.html
設問1の回答の導出がわかりません。

私が問題を読んだ解釈では、PIO_Rの値によって入力と出力を使い分けれると思っています。
なので、初期状態ではPIT_Dに初期データを読み込ませたい(入力モード)なのでPIO_Rは0000になるんじゃないかなと思ってしまいました。

おそらく勘違いをしているんだろうなと思いますが、問題をどのように解釈すればよいかわかりません。解説お願いします！

「入力」というのは、MPUからデータを受け取るという意味ではなく、周辺機器からデータを受け取るという意味です。
７セグからデータが上がってくることはないので、R0～R13については出力モードに設定すればよいです。（表示内容の制御はD0～D13を操作すればよい）

なるほど、理解することができました。
ありがとうございました